Krubera, em realidade, é um sistema de longas cavernas de 16.058 metros, cuja maioria consiste de profundos poços verticais, que estão interligadas com o vão principal. A caverna começa no alto das montanhas, a uma altitude de 2.256 metros, com uma entrada estreita. Os primeiros exploradores, muitas vezes tiveram que cavar para transpor passagens muito estreitas para permitir a passagem segura. Em outros lugares, o vão é tão grande quanto um túnel de metrô.

Só para que tenham uma ideia, 5 das cavernas deste sistema têm mais de 1.000 metros de profundidade; a maior dela é a única caverna conhecida na Terra mais profunda do que 2.000 metros.